A történet a Szuper Dangan Ronpa 2 cselekménye után játszódik. Naegit felelősségre vonják a SDR2-ben vállalt szerepéért, ezért korábbi osztálytársaival, Kirigirivel, Asahinával és Hagakuréval együtt ellátogat a Mirai Kikan főhadiszállására. A Mirai Kikan vezetői csak azért gyűltek össze, hogy ítéletet mondjanak Naegi felett. Alig kerül rá a bilincs a fiú kezére, amikor hirtelen megtámadják az épületet. Kábító füst lepi el a szobát, és mire mindenki magához tér, bezárva találják magukat egy gyilkos játék közepén, ahol a tét nem csak a saját életük, hanem a világ jövője is. Fogvatartójuk vörös bal szeme felejthetetlen rémálom emlékeként csap Naegibe... S hogy ezúttal mi a célja? A Mirai Kikan és a remény teljes megsemmisítése...

megjelent: 2016.07.11.

2. rész: Lógjon a boszorkány!

Monokuma ismerteti az új játéka szabályait, a Mirai Kikan tagjainak azonban idejük sincs felocsúdni: áruló van köztük. Természetesen mindenki Naegiben látja az ellenséget, így az áruló felkutatása helyett egymást kezdik vádolni. Ám amikor a helyzet eldurvul és egyikük váratlanul meghal, a szervezet vezetője, Munakata nem tétovázik tovább: Naeginek meg kell halnia. Vajon lesz bárki is, aki kiáll mellettük? Elhagyja-e a remény egy ilyen kétségbeejtő helyzetben azt, akit a szuper középiskolai kategóriában Reménynek hívnak? Az epizód végén pedig Naegi holtan találja az egyik barátját...

megjelent: 2016.07.18.

3. rész: Kegyetlen erőszak és üres szavak

A látszat néha csal, nem mindig az a halott, aki annak látszik. Naeginek azonban nincs ideje megkönnyebbülni, ha azt akarja, hogy megtalálják az árulót, mielőtt megöli mindannyiukat, először tisztáznia kell a saját nevét. Már csak az a kérdés, szavai meghatják-e Munakatát, amikor az kardot ránt elő... és nincs ott senki más, aki segíthet.

megjelent: 2016.07.25.

4. rész: Ki a hazug?

Amikor minden és mindenki gyanús, égető szükség van némi reményre. Naegit azonban foglyul ejtette Munakata. A Mirai Kikan több részre oszlik: Munakata-tábor, Naegi-tábor és azok, akik a maguk útját járják. Naegi barátainak ki kell találniuk valamit, hogy megmentsék őt, mielőtt az ítélet bárdja lesújt. Közben viszont az áruló szép csendben teszi a dolgát, a túlélők száma egyre csak csökken, és felbukkan köztük egy ismerős arc, aki Második Junkónak nevezi magát. Nem mindenki az, akinek elsőre látszik...

megjelent: 2016.08.01.

5. rész: Távoli napok álmai

Míg Ruruka és Seiko a barátságuk mibenlétét feszegeti vérrel és erőszakkal, addig Munakata válaszokat keres; nem biztos azonban, hogy minden kérdésre megéri tudni a választ. Minden dráma ellenére az áruló még mindig szabadlábon van, az epizód végére pedig a túlélők száma kettővel csökken. Vajon félre tudják tenni a személyes ellentéteiket, hogy megmentsék a világot, vagy előbb ölik meg egymást, mielőtt még megtalálnák az árulót?

megjelent: 2016.08.08.

6. rész: Senki szigete

Kirigiri buzgón kutat az áruló által hagyott nyomok után, miközben Naegi végre kapcsolatba tud lépni a külvilággal. Az egyetlen embert hívja, akire ilyen esetben számíthat. Értékes és baljós információkhoz jut általa: híreket hallhat rég látott testvéréről és a Jabberwock szigetet fenyegető veszélyről egyaránt, ahol egy régi bajtárs tölti önnön száműzetését... A szálak lassan összeérnek, miközben az ellentétek apránként csökkenni látszanak a Mirai Kikan tagjai közt, sajnos a túlélők számával együtt...

megjelent: 2016.08.15.

7. rész: Ultra Kétségbeesés Lányok

Ebben a részben elszakadunk kicsit Naegi Makotótól, hogy bepillantást nyerjünk húga, Komaru hétköznapjaiba. Komaru elszántan harcol a kétségbeesés ellen Towa városában, és míg arra vár, hogy bátyja helyreállítsa a rendet a világban és érte jöjjön, súlyos titkokat fedez fel: a Junko által irányított gyilkolós játék túlélői közül (Kirigiri, Asahina, Hagakure, Togami, Fukawa) valaki meg fog halni, mégpedig Naegi Makoto hibájából. Ez az ítélet lesújtja a fiút, de vajon képes lesz megakadályozni ezt a sötét jóslatot? És hogyan állíthatják meg az árulót, aki még mindig a fejükre pályázik?

megjelent: 2016.08.22.