A Dangan ronpa első szériájától eltérően a Dangan Ronpa 3: A Hope Akadémia vége nem játékadaptáció, hanem egy teljesen új történet, mely a játék készítőjének, Kodaka Kazutaka fejéből pattant ki. Mivel a tervezők legújabb tervezett játéka, a New Dangan Ronpa V3 teljesen új karakterekkel és környezettel fog dolgozni, ezért Kodaka szeretett volna lezárást készíteni a jelenlegi univerzumhoz. Bár nem épül egyetlen játékra sem, megértéséhez szükség lehet a Super Danganronpa 2 és az Another Episode ismeretére. A szálak elvarrására szolgál a 2016. július 11-én megjelent Dangan Ronpa 3: A Hope Akadémia vége (ダンガンロンパ３ –The End of 希望ヶ峰学園– Danganronpa 3 – The End of kibō hō gakuen), mely két szálra oszlik:

- Mirai-hen: A Jövő oldala

- Zetsubou-hen: A Kétségbeesés oldala

A két szál cselekménye és karakterei erősen összefüggnek, ezért ajánlott őket egyszerre nézni. A Mirai-hen hétfőnként jelenik meg, a Zetsubou-hen pedig csütörtökönként, így a sorrend is ez: egy rész Mirai-hen, majd egy rész Zetsubou-hen.

A Mirai-hen egy Mirai Kikan nevezetű szervezet köré épül. A szervezet azért jött létre, hogy megfékezze a Junko hatása alatt gyilkolászó embereket és visszaállítsa a reményt és a rendet a Junkoék által kétségbeesésbe taszított világban. Odakint most teljes a káosz, de a Mirai Kikan eszmékkel és fegyverekkel egyaránt a békéért harcol. Ennek a szervezetnek a tagja Naegi Makoto és minden bajtársa a régi 78-as osztályból, akik túlélték az első gyilkolós játékot.

Évek teltek el az incidens kirobbanása óta, és Naeginek felelnie kell a tetteiért (lásd a Zetsubou-hen történetét, ott leírtam mindent!), ezért a Mirai Kikan főhadiszállására rendelik Kirigirivel és Asahinával együtt. A vád: árulás. Arra azonban egyikük sem számít, hogy Monokuma betör közéjük, és egy újabb gyilkolós játék veszi kezdetét... Monokuma célja ezúttal nem más, mint a Mirai Kikan teljes megsemmisítése, épp ezért farkast dobott a bárányok közé: a szervezetben egy áruló lappang. Ez az áruló pedig minden éjjel, amikor a többiek álomba merülnek a karjukra szerelt karperec kábító hatása miatt, gyilkolni indul... Csak akkor nyerhetik meg a játékot, ha kitalálják, ki az áruló, és végeznek vele, mielőtt mindenki meghal. Vajon hogy másznak ki ebből a slamasztikából Naegiék? Hogyan lesznek képesek békét hozni az egész világra, ha már abban sem lehetnek biztosak, ki közülük a barát és ki az ellenség?